小便刺痛伴有尿不尽感，最常见的原因是出现了泌尿、生殖系统感染。口服药物首选抗生素药物，比如常用的左氧氟沙星、头孢地尼、阿奇霉素、磷霉素等广谱抗生素，对于大多数泌尿、生殖系统感染都可以起到比较好的治疗作用。不过建议吃药前最好做尿常规的化验，以明确究竟是不是感染。
如果是男性出现上述症状，化验正常，可以考虑是前列腺炎的可能性，加用α受体阻滞剂会迅速缓解症状，比如坦索罗辛、多沙唑嗪等。另外，膀胱过度活动症的患者也会出现尿痛、尿不尽的感觉，但会伴有尿急、尿频的症状，可以服用M受体阻滞剂，比如托特罗定、索利那新，或者是β3受体激动剂，例如米拉贝隆。其他还可以导致小便刺痛、尿不尽感的有输尿管末端结石、前列腺肿瘤、膀胱肿瘤等，这些疾病需要治疗原发病才能彻底缓解症状。