肌酶肌肉组织存在的酶包括骨骼肌和心肌，主要是磷酸肌酸激酶及肌酸激酶同工酶，还有谷草转氨酶。磷酸肌酸激酶存在于各种肌肉中，骨骼肌和心肌中均有，主要用来诊断骨骼肌和心脏疾病，例如进行性肌营养不良或严重肌肉创伤、心肌梗死等。肌酸激酶增高可见于剧烈运动后或心肌梗死、病毒性心肌炎等心肌损伤疾病。
肌酸激酶同工酶也常用于诊断心脏疾病，比如对于心肌梗塞的诊断比心电图还要可靠，因为心肌缺血导致心肌损害后，肌酸激酶同工酶就会释放到血液中，而被检测到。心肌梗死后肌酸激酶同工酶6小时之内就会升高，且具有很强的特异性，它的更多临床价值也在深入研究中。