肛门周围脓肿皮下型，主要的消除办法是手术治疗，在局部或硬膜外麻醉下进行手术操作。选病变长轴的切口或者肛门周围的放射状切口，切开皮肤，皮下组织仔细地分离脓腔，留取脓汁进行培养，同时也要分破脓腔的分格，避免残留。如果是肛腺的感染所导致的，术中应该进一步探查内口，必要时可以选择局部的切开。
手术后应积极的选择静脉抗感染治疗，每天都需要进行换药，治疗期间适当的补充营养，如高蛋白和富含维生素类的食物，能够促进创面的愈合。而肛周脓肿的病人在手术以后，每次排便都应该进行清洗，或者用中药熏洗坐浴，能够促进创面愈合，降低感染发生的几率。