乙肝抗病毒治疗的副作用要结合抗病毒的具体方案来进行分析，常见的抗病毒治疗方案，包括口服核苷类药物或肝注射干扰素：
第一、核苷药物中恩替卡韦是各种乙肝药物中最安全的，长期使用几乎不会有不良反应。有文献报道说，可能会引起乳酸酸中毒，但发生率非常低。恩替卡韦对肾脏没有副作用，即使肾功能不好的人，仍然可以安全使用，只是剂量需要调整。
第二、替诺福韦和阿德福韦，这两个药的副作用很相似，对肾脏和骨代谢有一定的影响，长期用药的警惕引起肾功能不全，低碘性骨病和骨质疏松，表现为肌酐升高、尿增多、骨质软化，以及易产生下肢或者全身骨骼疼痛、骨畸形、骨折等。所以这两个药物的治疗过程中，要对肾功能和血凝等相关指标进行检测。
第三、干扰素治疗，可以产生副作用，在早期可以产生类流感样的症状，比如发热、全身肌肉关节的酸痛，随后症状缓解，但是长期使用可出现乏力、脱发、骨髓抑制等方面的副作用，在使用过程中要注意定期监测，必要的时候给予相应的处理。