高位肛瘘术后的复发率高，大多肛瘘的复发都是由于高位肛瘘，或者高位复杂性肛瘘才导致。高位肛瘘由于瘘管走形复杂，而且瘘管位置偏高，所以在手术中经过瘘管寻找内口相对比较困难，也有可能会导致假性内口的产生，而遗漏了真正内口的处理，导致术后的复发。
还有可能是复杂性高位肛瘘，有多个内口的存在或者多根瘘管的存在，手术时遗漏了处理也会导致术后复发。而低位的肛瘘大多瘘管比较明确，手术时内口也相对比较好找，所以复发率比较低。