晨起口苦的原因有可能存在胆汁反流，胆汁是苦味的，正常情况下胆汁是从十二指肠降部乳头分泌出来，向肠道远端进行传送，帮助消化、吸收脂肪类食物。如果胆汁反流到胃中，夜间因为平卧位，更容易反流到口腔中，就会导致口苦的现象。
胆汁反流病因分为器质性病因和功能性胆汁反流，器质性胆汁反流经常见于胆道系统疾病患者，如胆囊切除术后胆系结石，病人往往存在胆汁分泌异常。而对于功能性胆汁反流，则是因为胃窦、幽门括约肌、十二指肠蠕动功能不协调所造成，常常见于青年人。