确诊为近期衣原体感染时，需要使用抗支原体的药物进行治疗，常用的药物包括大环内酯类的阿奇霉素、红霉素、罗红霉素，或者是喹诺酮类的左氧氟沙星、莫西沙星等等。轻者可口服给药，重症者需要静脉给药。
在使用上述药物治疗时，要注意药物的副反应以及禁忌症，例如喹诺酮类的抗生素，患者18岁以下、80岁以上或者是有癫痫病史时，是禁止使用的。喹诺酮类的抗生素常见的副反应包括头晕、心悸、周身不适等等，大环内酯类的抗生素主要的副反应是胃肠道的副反应。