木瓜花中医认为味甘，性温，归属于胃、肝、大肠经，主要能够起到疏肝和胃的作用，临床上可以用于一些胃痛的病人。
同时木瓜花也有一定的镇痛和镇静的作用，所以对于一些风湿骨痛，比如神经痛、关节痛、跌打损伤等引起的疼痛，都可以作为辅助治疗。对于一些坐骨神经痛或者风湿性关节炎，也有良好的止痛作用。
木瓜花性温，对于一些热盛体质的人建议慎服。同时木瓜还有一定的利水渗湿的功效，临床上的一些人出现了不明原因的水肿，都可以服用木瓜。
特别是对于一些内分泌功能紊乱的病人，也可以通过木瓜花来改善，而木瓜还有蛋白质、糖类、粗纤维、维生素、氨基酸等营养物质，服用也能够给人体补充人体所需要的微量元素等。