目前认为，并指畸形由胚胎发育时期手板分化缺陷所致。
在胚胎发育过程中，手指开始并在一起，随着发育的成熟，手指才开始逐步分开，在这个发育过程中，手板分化缺陷常导致手指分开不彻底或者没有分开，就会造成并指的发生。
30%左右的患儿有家族遗传史，此外，环境因素对此病的发生影响也较大。认为病毒感染、药物、射线辐射等因素可能会影响胚胎手指的分化，因而导致多指畸形的发生。