甲减治疗最主要的药是左甲状腺素钠替代治疗，甲状腺功能减退是由于各种原因造成甲状腺组织受到破坏和损伤，甲状腺合成分泌甲状腺激素不能满足身体的需要。替代的目标就是让甲减的症状完全消失，甲状腺激素的水平复查以后恢复正常。使用方法非常简单，左甲状腺素钠它的结构和我们自己的甲状腺素完全一样，而且半衰期比较长，在体内浓度比较稳定，非常适合替代治疗，但是服用的时间和方法有要求，在早晨空腹和其他的食物、药物间隔半小时以上，另外要定期的复查。
如果是一过性的甲状腺功能减退，可能在甲减期间进行相应的替代治疗，但随着原发病，像亚急性甲状腺炎引起的一过性甲减，或产后甲状腺炎引起的甲状腺功能减退，随着疾病的好转可以停用药物。但对绝大部分的甲状腺功能减退患者，比如自身免疫性炎症，像桥本氏甲状腺炎，需要长期的使用药物，患者不能随意的减药或停药。