肛门止痛药的药效一般在半个小时到2个小时以内，药物塞入肛门之后在12-30分钟之内奏效。但是治疗的之前，应该先分清楚是由于什么原因而造成。肛门疼痛可由于肛裂、痔疮等情况造成，肛裂会由于大便的干结而造成肛门皮肤的撕裂，会出现剧烈的疼痛感以及血迹。
疼痛感会持续一段时间，痔疮会出现痔核肿大、出血以及疼痛的感觉，两者都需要及时进行治疗。尤其是痔疮，可以使用马应龙痔疮栓剂塞入肛门进行止痛处理，不管是哪一种止痛药物，一般药效都是在2小时以内。因为在这个时间里，机体会将药物完全吸收，药力可以完全发挥。