三岁孩子反复高烧39℃可以用药物和物理降温的方法进行治疗，具体如下：
第一、三岁孩子反复高烧39℃应该进行退热治疗，可以给予解热镇痛药物，如布洛芬、对乙酰氨基酚，可以应用一些其他的清热解毒和抗病毒的药物，如小柴胡颗粒、板蓝根冲剂、小儿氨酚黄那敏颗粒，有利于改善症状，缩短病程，物理降温方面可以用温毛巾擦宝宝的额头、双侧腋窝、脚心、手心、腹股沟。
第二、如果三岁孩子发高烧伴有脑水肿、惊厥者，可以应用20%甘露醇注射液降低脑水肿，用氯丙嗪人工冬眠疗法进行抗惊厥。高热的并发症有很多，需要及时去医院进行检查，找出高热的原因，在医生的指导下进行治疗。