睡觉时流的口水很臭是由于口腔卫生情况不良所引起，睡觉前没有刷牙漱口或没有很仔细的刷牙漱口，使牙面上、牙缝间、舌头表面还存留着食物残渣和细菌。食物残渣在口内经过一夜就会腐败产生臭味，所以在睡觉时流口水就会出现口臭。
另外，睡觉流口水很臭还是由于患有牙龈炎和牙周炎，这两种疾病也是长期口腔卫生情况不良所导致，牙龈红肿、牙龈容易出血使口内的致病因子数目和炎症渗出物都明显增多，这两种物质增多也会使在睡觉时流口水很臭。
另外，流口水很臭还可能是睡前吃得过饱或者油腻不易消化的食物导致积食，使食物在胃内存积的时间过久引起口中有酸臭的味道。