肺部真菌感染查不出来，原因很多，最主要的原因是各种不同类型真菌检出率比较低，尤其是曲霉菌，因此即便查出白色念珠菌或者非白色念珠菌，由于对氟康唑的耐药临床疗效也不好。
G试验、GM试验，也有假阴性或者假阳性，因此当临床高度怀疑是肺部真菌感染，可以经验性的抗真菌治疗，为了避免氟康唑的耐药，可以先选择伏立康唑、伊曲康唑、科赛斯等，用这些药抗真菌治疗，常10-20天就能见到临床症状有所缓解，临床症状缓解是肺部真菌感染很重要的依据。