囊肿与脂肪瘤是临床上常见良性疾病，主要区别在内容物性质、发病部位、治疗，具体如下：
1、内容物性质：囊肿内容物性质是液体，而脂肪瘤是实质细胞的增生。所以在影像学上囊肿表现为无回声区，而脂肪瘤表现为低回声区；
2、发病部位：脂肪瘤主要发生于体表部位，囊肿可以发生在全身的各个组织和脏器，比如肝脏囊肿、胰腺囊肿、脾脏囊肿、乳腺囊肿、甲状腺囊肿；
3、治疗：脂肪瘤必须手术切除才可以获得治愈，而对于乳腺囊肿、腹腔内脏器囊肿直径不超过2cm或没有症状时无需治疗。体表囊肿比如乳腺囊性增生所引起的囊肿，可以通过口服药物获得到逆转甚至消失。