男性尿道炎的口服药物治疗，主要取决于感染的病原体。由于解剖特点男性一般很少患有尿道炎，如果患有尿道炎，一般多考虑和不洁性生活有关。
此类病原体通常为支原体、衣原体，因此药物治疗主要是大环内脂类抗生素，如红霉素、罗红霉素、米诺环素等。还要考虑是淋球菌感染导致的尿道炎，需要采用静脉滴注结合口服药物的疗法。需要静脉滴注头孢曲松钠，同时口服喹诺酮类抗生素，如左氧氟沙星、环丙沙星、诺氟沙星等。
对于某些罕见病原体，如阴道毛滴虫导致的滴虫性尿道炎，主要是口服甲硝唑、替硝唑类药物。长期服用类固醇激素者、糖尿病者其抵抗力低下，容易患有普通性尿道炎，口服药物主要是喹诺酮类抗生素联合某些中成药物治疗，如左氧氟沙星联合三金片。