庆大霉素口服是可以治疗细菌感染性腹泻的，吃2次/日，庆大霉素口服基本上不吸收，副作用很小。其静脉应用会有很大的副作用，包括肾毒性、耳毒性等等。除了庆大霉素以外，喹诺酮类抗菌药物也是经常使用的，如左氧氟沙星2次/日、利福昔明2次/日等等。还有一些中药的提取物，如黄连素也很有效4次/日。
一些中成药，如中药葛根芩连汤、三黄解毒汤等也有抗菌的功效。除了给予针对病原菌的治疗还可以对症处理，比方说腹痛明显者给予解痉止痛，常用的解痉剂有抗胆碱能药物，如山莨菪碱、颠茄片等。但这类药物不具有受体选择性，不良反应较多，如口干、腹胀、心动过速、眼压增高等等。