肛泰栓的副作用包括腹痛、腹泻、恶心、呕吐、过敏、皮疹、肝功能损害等，停药后多可恢复正常。
腹痛主要表现为阵发性下腹绞痛，多于排便后减轻；腹泻表现为暗褐色不成形大便，很少引起严重脱水；恶心、呕吐，呕吐物为胃内容物，不含胆汁和咖啡样物；过敏症状主要表现为瘙痒、皮疹，极少引起呼吸困难；肝功能损害主要表现为转氨酶增高、胆红素增高，以间接胆红素为主，严重的患者可以出现低蛋白血症。
为了避免上述副作用出现，用药期间需要禁油腻，戒酒，保持大便通畅，原有心脏病、肝脏疾患、高血压、糖尿病、肾功能不全的患者，需要在医师指导下应用肛泰栓。