良性肿瘤相比恶性肿瘤是比较好治的，但有些特殊的良性肿瘤也是比较难治的。如有些良性肿瘤也会有恶性行为，即癌样侵犯、复发、转移等，如骨巨细胞瘤、动脉瘤样骨囊肿、胸腺瘤、部分垂体瘤等，这些肿瘤虽然属于良性肿瘤，但是也会侵犯周围正常组织，治疗后也会发生复发转移。
还有一些良性肿瘤因为生长部位特殊，难以达到根治性手术切除，也会多次复发，如脊索瘤，属于良性肿瘤，因为多发生于颅底、蝶鞍附近，局部破坏性很强、手术难度大、术后极易复发。还有卵巢囊肿等，如果囊肿过大，并发生了破裂，手术时囊液播散于盆腹腔就很难清除，术后也是会多次复发的，难以根治。总之，绝大多数良性肿瘤是比较好治疗的，只有上述特殊的良性肿瘤，具有侵袭、复发、转移的恶性行为，就比较难治。