预防血栓的药物一般有两种，即抗凝药及抗血小板聚集药物。
抗凝药一般包括三种，维生素K的拮抗剂、低分子肝素类及口服的新型抗凝药。而血小板抑制剂一般有两种，阿司匹林或氢氯吡格雷，通常来讲预防静脉血栓使用抗凝药物即可。
如果不适合使用抗凝药也可使用抗血小板药物，但如果两者联合使用常常引起出血的风险增加。
预防血栓也要同时进行血栓诱因的预防，如卧床、高血脂以及免疫类疾病或肿瘤。