活动性肺结核需要抗结核治疗，至少需要6-9个月。抗结核的药物主要有异烟肼、利福平、吡嗪酰胺、乙胺丁醇等，这些药物大多数都有对肝脏、肾脏或者是神经系统的副反应，所以用药期间应该进行监测，及时发现，同时可以合并应用保肝药物。
有时副反应较重时可能需要停药，停药治疗后可能会影响抗结核治疗。抗结核治疗应该实施全程督导化学治疗的管理策略，也就是每次用药都必须在医务人员，或经培训的家庭督导员的直接监督下进行。因故未用药时必须采取补救措施，以保证按医嘱规律用药。