胃窦溃疡是指胃窦部发生慢性溃疡性病变，胃窦糜烂是指胃窦黏膜发生糜烂样改变。
1、两者在发病位置上的区别，胃窦糜烂是糜烂灶局限于胃的黏膜层，胃窦溃疡是溃疡的病变已经超出胃的黏膜层，而到达胃的肌层，简单的理解就是胃窦溃疡比胃窦糜烂严重，胃窦糜烂进一步发展就会变成胃窦溃疡。
2、两者在并发症上的区别，胃窦糜烂有可能会伴有出血的情况，但是出血往往很少，胃窦溃疡常常会并发出血、穿孔、癌变等。
3、对于幽门螺杆菌感染的胃窦溃疡，需要给予正规的四联疗法根除幽门螺杆菌治疗，而对于HP感染的胃窦糜烂患者，有可能不需要根除HP治疗，具体的需要咨询消化内科的医生。