牙结石是牙面的细菌经过唾液中的矿物质矿化而沉积到牙齿表面，通常和牙根面结合的比较紧密，日常采用刷牙、漱口的方法很难将牙石去除干净，并且也不建议用针、牙签机械性去除牙石，因为这种方法不但不能将牙石完全清理干净，还会造成牙龈的损伤。临床上清除牙结石的治疗方法是超声波洁治，通过超声波的高频震荡配合水雾冲洗，可以将牙齿表面的牙石击碎并冲刷干净。
牙周病比较严重的患者牙周袋很深，且牙石的位置比较隐蔽，还需要采用龈下刮治术和牙周翻瓣术的方法，将深至袋底和根分叉处的牙石清除掉。牙石清彻底清除之后还要对牙面进行抛光，使牙面变得高度光洁，以避免牙石和细菌的再度附着。