痰查结核菌涂片是诊断肺结核的金标准，只要在结核菌涂片中查出结核菌就可以诊断肺结核，这也是最准确的方法。但是有很多肺结核的病人反复查结核菌涂片都呈阴性反应，在临床上特别多见，对诊断肺结核比较有难度。这时可以根据病人的临床症状做出初步判断，并结合病人的肺部影像学做出判断，还可以根据纤维支气管镜、结核菌素试验、γ-干扰素释放试验等检查做出诊断。有时肺结核与肺炎、肺癌等疾病在疾病症状、影像学上都比较难鉴别，所以需要医生富有较丰富的临床经验。