脑干梗死的病死率一般在30%左右。脑干是人体的呼吸、循环中枢所在，脑干梗死易引起呼吸和循环骤停，是一种较为严重的疾病。脑干梗死的病死率取决于梗死区的体积大小，患者自身的身体状况以及治疗的规范程度。
如果脑干梗死为栓塞，梗死病灶体积较大，则患者很有可能出现昏迷、脑水肿等情况，死亡率可超过90%。即使一些患者在急性期存活下来，也容易在后期形成肺部感染、褥疮、消化道出血、继发性癫痫等严重并发症而死亡。脑干梗死中，只有一部分腔隙性梗死的病人不会危及生命，但患者也大多出现后循环缺血的临床症状。
因此，总体来说，脑干梗死是一种致死率和致残率较高的疾病，一旦发生应严格按照卒中指南进行及时、规范的治疗，否则后果严重。