肠球菌感染的首选药物类型有盐酸万古霉素、青霉素钠、哌拉西林钠他唑巴坦钠等，因为肠球菌是主要寄生于人体肠道组织中的致病性细菌。在临床上此类细菌对于多种抗生素具有较强的抗药性以及耐药性，对于青霉素、万古霉素、氨卞青霉素等类型的抗生素类药物具有较强的敏感性，可以更好的达到抗炎杀菌性作用。
根据患者实际的症状表现可以配合镇痛解痉、益生菌制剂等药物，缓解患者腹部胀痛、排便不畅等不良症状表现，如布洛芬缓释胶囊、双歧杆菌三联活菌冲剂等。急重症患者需要结合患者实际病情，考虑采取两种或者多种抗生素联合用药的方式，以快速控制病情的发展，预防肠道组织局部坏死或化脓性病变等严重病症的出现。