腰椎间盘突出手术可能会有风险和后遗症，手术是一种创伤，术中有可能将细菌带入机体内，引起伤口感染或椎管内感染，从而形成化脓性脊柱炎。手术中有可能会损伤马尾神经、神经根等组织，而导致其功能障碍，出现下肢麻木、肌肉萎缩，严重者可能会出现大小便功能失禁。
另外，手术后有可能神经根、硬膜囊等组织有周围组织的粘连，而造成术后腰痛、腿痛等症状，还有可能腰椎间盘突出会再次复发。如果做腰椎间植骨融合术方法治疗，会导致上下椎间盘活动度增加，可能会引起相邻椎间盘提早退变。因此，椎间盘突出手术一定要谨慎选择，选择合理方案进行治疗。