自然流产的很多实际原因不清楚，但是停经8周以内的自然流产，80%跟种子有关系，也就是精子和卵子本身可能有异常，可以去查染色体，但是有些染色体非常隐性，可能也查不到。
当然也与某些女性的子宫本身有畸形有关，比如有纵隔子宫或者双子宫，孕囊达到一定水平可能发育就会受限。部分女性是黄体不足，这时要去查血，体内的孕激素会表现的比较低。还有一部分病人是因为体内凝血机制有问题，发生血栓而导致流产。