细菌和病毒有很大的区别，在结构上的区别就很大。细菌有细胞结构，可以进行一定的独立自主的活动、进行增殖。病毒没有细胞结构，必须借助活的、有细胞结构的生物，才能够进行自身的增殖。细菌和病毒感染人体之后也有一定的差别，细菌可以分泌外毒素，感染人体之后可以出现特殊症状。比如白喉棒状杆菌感染人之后，可以造成白色的假膜。破伤风梭菌感染人体之后分泌的破伤风痉挛毒素，可以导致肌肉抽搐。A族乙型溶血性链球菌中的感染人体之后可以分泌红疹毒素，导致猩红热典型的皮肤红疹和瘙痒等症状，其他的细菌也有一些特殊的症状。病毒虽然与细菌感染一样，也可以导致发热、寒战、肌肉疼痛，但不同的病毒有不同的选择性。比如乙肝病毒主要导致肝细胞的破坏，艾滋病毒主要导致T淋巴细胞的破坏。汉坦病毒导致流行性出血热，主要损伤肾脏，流感病毒感染人体之后主要感染的是呼吸道黏膜，出现呼吸道症状。在治疗上有很大区别，细菌感染使用抗生素，而病毒感染使用抗病毒药物，没有一种药物能够同时治疗细菌感染和病毒感染。