根尖周病的治疗需要根据病情的严重程度选择合适的治疗方式，多数患者可以保守治疗，合并感染者给予药物抗炎治疗，对于保守治疗无效者选择手术治疗，多数患者的治疗周期为2周左右。
一、保守治疗
1、开放引流：根尖周病治疗首先是要开髓引流，打开髓腔引流通道，打通根尖孔，使渗出液或脓液通过根管得以引流，以缓解根尖部压力，解除疼痛。为了不让食物杂质堵塞引流通道，洞内放置碘酊球开放。
2、切开排脓：首先抗炎治疗4～5天，再主要针对骨膜下或黏膜下脓肿，切开与根管开放可同时进行。切开的位置正对脓肿，与前庭沟平行方向。
3、安抚治疗：对根管外伤、封药化学性刺激及根管不良充填引起的根尖周病，可考虑去除根管内容物，封消炎镇痛药物数日，待急性期过后再常规治疗，以避免外界污染或再感染。
4、调改咬合：当根尖周病患者牙齿是活髓，处理应慎重。由创伤引起的，通过调合消除创伤性咬合，即可治愈。根尖孔大牙髓炎引起的急性根尖周炎，可在麻醉下给予去髓。
二、药物治疗
1、青霉素：青霉素适于合并感染的根尖周病患者，主要用于细菌培养结果回报前的治疗。属于广谱抗生素，对多数细菌有较强的杀菌作用，适于合并感染者，主要通过静脉注射，每次用药前均需试敏，避免出现过敏的不良反应。
2、头孢克肟：头孢克肟属于头孢菌素类抗生素，具有广谱抗菌作用，适应范围广，对细菌有很好的杀伤作用。不良反应不常发生，即使发生，也较温和且短暂。
3、甲硝唑：甲硝唑属于硝基咪唑类药物，为取得最佳疗效，可联合用药。主要用于治疗或预防厌氧菌引起的系统或局部感染。消化道反应是最为常见不良反应，包括恶心、呕吐、食欲不振、腹部绞痛，但一般不影响治疗。
三、手术治疗
1、拔牙：无保留价值或严重病灶牙可以进行拔除，通过牙槽窝引流，但急性期拔牙易引起炎症扩散，应先保守治疗再行拔牙。
2、根管治疗术：根管治疗术是根尖周病治疗最有效的方法。通过清除根管内和根尖周感染物质，进行适当的消毒，并严密充填根管，促进尖周病变愈合。
3、根尖屏障术：对于年轻恒牙的根尖周病变，根尖孔由于炎症无法继续形成，需要进行根尖屏障术治疗。