排便时肛门疼痛有以下几种原因，要根据不同的原因进行相应的治疗：
一、如果是痔疮引起的，可以先行应用高锰酸钾溶液，肛门局部熏洗坐浴，然后选用痔疮栓剂或膏剂纳肛治疗医以止痛，可以选用复方角菜酸酯栓、复方角菜酸酯乳膏，或者马应龙麝香痔疮栓、马应龙麝香痔疮膏、肛泰栓、肛泰软膏等。
二、如果是肛裂引起的，也可以应用高锰酸钾溶液熏洗坐浴，但是最好不要应用栓剂，避免引起更剧烈的疼痛，可以应用膏剂肛门周围涂抹治疗。
三、如果是肛窦炎引起的，也可以应用高锰酸钾溶液熏洗坐浴或者应用消炎止痛的痔疮宁栓纳肛治疗，也可以应用药物灌肠治疗。
四、如果是肛周脓肿引起的，手术治疗是最好的解决办法。
因此出现这样的症状，患者应该第一时间到正规医院的肛肠科去进行检查以明确诊断，决定进一步的处理方式。