按照西医说法通常认为射精后两侧腰疼是由于腰肌劳损或泌尿生殖系统感染导致，由于腰肌劳损不能够承受性生活时剧烈的运动，或泌尿系、生殖道感染或前列腺炎引起炎症刺激，所以在射精后发生腰两侧疼痛。
按照中医解释相对直观，中医认为腰为肾之府，按照中医辨证，射精后两侧腰痛属于肾虚腰痛，因为肾的位置在腰部，而腰所覆盖的区域也就是肾的精气覆盖区域，如果平时肾精充足则腰脊有力，肾精不足会出现腰酸、腰痛、腿软。平时由于肾气虚、肾阳虚，所以腰部经络缺乏阳气的温暖，而当外界剧烈运动或射精后，导致阳气亏虚发生腰痛，这种腰痛的特点以酸痛为主，且怕冷、喜暖。一般中医辨证通常是使用金匮肾气丸或右归丸进行治疗，建议大家到正规医院咨询医生后使用。