胃黏膜异位症的患者，若无明显症状，则无需治疗，定期观察即可。但异位的胃黏膜可以分泌胃酸，导致异位局部的黏膜烧灼感、疼痛以及黏膜损伤，尤其是食管胃黏膜异位症的患者，可能会诱发胃食管反流病、食管溃疡，以及食管狭窄、穿孔或者出血等，可给予抑制胃酸分泌、保护胃黏膜及对症等综合治疗。
日常生活中要多进食温软、清淡、易消化的食物，避免暴饮暴食，避免辛辣、刺激食物的摄入，要少食多餐、增加运动，促进胃肠蠕动功能，保证充足的睡眠，保持良好的心情，促进身体恢复。