非梗阻性肥厚型心肌病的主要的症状是呼吸困难，多在劳累后出现，是由于左心室顺应性减低，而舒张末期压升高，出现肺淤血所造成的。
然后肥厚型非梗阻性的心肌病，还可以引起心前区的疼痛，多在劳累后出现，似心绞痛，但可不典型，是由于肥厚的心肌需要氧增加，而冠状动脉供血相对不足所导致的。
而且非梗阻性的肥厚型心肌病还可能出现乏力等症状，多在活动时发生，是由于心率加快而导致的舒张期充盈欠佳，左心室舒张期进一步缩短所造成的。
还可以出现心悸等症状，是由于心功能减退或心律失常所造成的。
还可以导致出现心力衰竭，多见于晚期的患者，是由于心肌的顺应性减低，心室舒张末期压显著增高，继而心房压升高，一般常常会合并心房颤动。
晚期患者心肌纤维化广泛，心室收缩功能也减弱，易发生心力衰竭与猝死。