不同类型的肝囊肿病因不同，常见类型及形成原因如下：
1、单纯性肝囊肿：多为先天性，部分单纯性肝囊肿可因其他病变继发，如肝包虫病就可引起肝囊肿，由于寄生虫寄生在人体之后出现肝囊肿。
2、先天性肝囊肿：病因不明，多认为与胚胎时期肝内胆管和淋巴管发育障碍有关，由不与胆道系统相连的胆管形成。
3、多囊性肝病：目前形成机制尚不完全清楚，主要有两种机制被提出，一种机制认为是由于异常的胆管被保留下来，之后和胆道系统脱离，逐渐扩张形成囊肿。另一种机制认为是胆道纤毛的缺陷，导致胆管细胞过度增殖，从而形成囊肿。