肛门上有小肉疙瘩疼痛考虑是以下的可能：1、外痔疮，与患者近期摄入过多辛辣刺激性食物有关系。主要症状为在肛门处出现肉疙瘩状的包块、胀大、充血、出血以及疼痛等，可以口服地奥司他明片，外部涂抹百多邦软膏或者马应龙痔疮膏进行治疗，如果特别肿痛需要进行手术切除。2、肛瘘引起的哨兵痔，会出现小肉疙瘩物体、持续性疼痛、少量鲜红色血液等，可以涂抹红霉素软膏进行治疗。除此之外还考虑肛周脓肿、尖锐湿疣、肛乳头肥大等，最好可以去医院做肛门检查分辨，再进行有针对性治疗，效果会比较好。