肝糖原的作用是将葡萄糖聚合在一起储存在肝脏中，变成一种储存的物质。如果机体血液中葡萄糖浓度不足时肝糖原就可以分解，逐渐释放入血，为人体提供能量。
食物消化吸收以后，营养物质都是经过门脉系统进入肝脏，肝脏就将碳水化合物、蛋白质、脂肪等转化为糖原的形式储存在肝内。当人体血糖降低时就可以使糖原分解，转变成葡萄糖释放入血，以保证血糖的浓度在一个相对平稳的状态。
如果肝糖原的合成降解受损，导致比例失调，比如胰岛素、胰高糖素都是调节肝糖原的，在正常情况下肝脏的糖原合成和分解与血糖是达到匹配的，如果匹配发生失衡就会导致糖尿病的发生。