清热暗疮胶囊属于中成药，在医生指导下辨证合理使用比较安全。不良反应相对较少，偶有患者出现胃脘不适、食欲减退、大便稀溏等不良反应，大多症状较为轻微，停药后症状就可消失。饭后服用会减轻药物不良反应的发生率，如果症状严重需要去医院就诊。
极少数患者服药后会出现皮疹、瘙痒等过敏反应，对此药过敏者禁用。清热暗疮胶囊是由穿心莲、人工牛黄、金银花、蒲公英、大黄、山豆根、栀子、珍珠层粉、甘草组成的纯中药制剂。药性偏于寒凉，长期使用易伤脾胃，故不建议自行长期服用。为保证用药效果，服药期间忌食辛辣、腥发食物。