肛门湿疹的有效治疗方法有很多，绝大多数通过口服药、外用药物，日常生活中的作息调节可以有效的治疗。因为肛门湿疹与肛门部位清洁不当或长期出汗刺激有关，所以建议在日常生活中每天用温水清洗肛周，可以有效地促进湿疹愈合。
可以配合使用口服依巴斯汀片或者是氯雷他定片，这些脱敏类的药物可以有效的缓解，因湿疹而带来的瘙痒，能够控制反复摩擦、刺激而造成的过敏反应。而外用药物方面需要根据肛门湿疹的外观形态，选择不同的治疗方案。
如果肛门湿疹有明显的渗出，则建议选择生理盐水浸泡、无菌纱布湿敷，在皮肤表面干燥后可以涂抹地奈德乳膏。如果肛周湿疹以红斑、丘疹为主，可以直接涂抹糠酸莫米松乳膏或者丙酸氟替卡松乳膏。