含牙囊肿形成的原因是在牙齿发育期间，在牙冠表面有一层缩余釉上皮，随着牙齿的不断萌出，如果牙冠已经达到口腔，缩余釉上皮就和口腔黏膜连在一起，牙齿就会萌出到口腔当中。
在没萌到口腔当中之前，牙冠表面覆盖的这层缩余釉上皮和牙冠之间是紧紧的贴着，如果缩余釉上皮和牙冠之间分泌了液体，形成了液体积聚，就会形成囊肿，称为含牙囊肿。
囊壁就是缩余釉上皮，其中的内容物就是缩余釉上皮分泌的囊液。一般含牙囊肿是附着在含的牙齿的颈部，所以如果出现了含牙囊肿，而且位置比较深，位于磨牙区，多半要进行手术将含的牙齿和囊肿一并摘除。
如果位于特殊区域，比如前牙区，也可以在囊肿开窗，然后进行再成形术，这样就可以让牙齿不断萌出，就可以萌出到口腔当中。