孕妇孕早期不建议做核磁共振，到了孕、中晚期可以在医生的指导下进行核磁共振检查。怀孕的前三个月是胎儿神经系统发育的关键阶段，此时不建议进行核磁共振检查。
进行核磁共振检查期间的噪音、热量、辐射会对神经系统的发育及细胞的分化造成一定的影响，严重影响胎儿的健康，容易导致胎儿出现畸形、流产、停育等情况。进入孕中后期以后胎儿的情况相对比较稳定，为了疾病的诊断可以在医生的指导下进行核磁共振检查。
此时核磁共振所含的辐射不会对胎儿造成太大的影响。在孕期进行核磁共振检查时不能够使用显影剂，以免影响到胎儿。