松果体位于大脑中央深部，位于第三脑室的后部。周围的血管、神经密集，手术的风险较大。手术入路一般采取枕下小脑幕上入路，因为该入路距离松果体区距离最近。手术一般在全身麻醉下进行，患者取俯卧位，切开头皮，铣刀铣开枕骨骨瓣，剪开硬脑膜，然后牵开枕叶，并剪开小脑幕，向脑深部松果体区探查，即可见到松果体。手术当中应当保护好大脑大静脉和大脑内静脉，防止引起大出血，危及生命。