多发性双侧肾脏结石的治疗方法要根据患者身体状况，是否有合并症以及结石大小，是否合并肾脏积水、感染综合判断。同时在治疗之前还要详细评估患者的肾脏功能以及分侧的肾脏功能。
治疗的原则是先处理较为简单一侧的肾脏结石，以保护肾功能为主，再处理相对复杂的一侧肾脏结石。一般多发性肾脏结石的患者还要积极查找产生结石的原因，比如是否存在全身代谢性疾病，如甲状旁腺功能亢进等因素，需针对病因进行治疗。
总之，多发性双侧肾脏结石的临床治疗较为棘手，在治疗选择的同时要综合考虑多种因素。