巧囊的腹腔镜手术过程如下：一、麻醉成功之后，医生会在患者肚脐以及肚脐的两周，总共切4个小的刀口。肚脐的刀口最大，大约是2cm，其它的一般是1cm左右，然后将所有的器械都进入到盆腔观察情况。二、观察没有盆腔的粘连或其它情况时，先找到巧克力囊肿的生长位置，将巧克力囊肿提起。一般先进行穿刺，将巧克力囊肿里面的液体引流，引流之后再将巧克力囊肿里面进行血液的冲刷，冲刷之后再进行巧克力囊肿的剥离。三、巧克力囊肿包皮剥离之后再进行缝合和止血，一般情况下缝合止血和剥离是同时进行的，能及时的止血，避免出血量过多。四、缝合结束之后需要进行盆腔的冲洗，将盆腔内的血液及时冲出，避免出现播散，或者是盆腔的粘连。五、冲刷之后，检查盆腔内没有异常出血，将器械撤出，手术就结束了。