儿童扁桃体异常需要结合临床症状选择就诊的科室，如果扁桃体感染并伴有发热、咽痛等不适症状，需就诊于儿童呼吸内科，可以通过血常规、C反应蛋白等相关检查明确是病毒，还是细菌感染，再针对性给予药物治疗。
如果是因为扁桃体肥大增生导致气道通气障碍，出现打鼾或睡眠障碍，需要就诊于五官科行相关的专科检查明确诊断，必要时需要做鼻咽镜检查再给予针对性治疗，避免误诊和漏诊贻误病情。