治疗细菌性阴道炎时首选甲硝唑，甲硝唑服用的时间为七天。甲硝唑具有抗厌氧菌的作用，同时不影响乳酸杆菌的生长，是比较理想的治疗药物。
细菌性阴道炎主要是由于阴道内产生过氧化氢的乳酸杆菌减少，而导致其他微生物大量繁殖所致，主要以加德纳菌等厌氧菌感染为主，治疗上以抗厌氧菌为主，口服药物包括甲硝唑和克林霉素。局部用药也可以选择甲硝唑凝胶或者甲硝唑泡腾片，疗程为7-14天，经过规范的药物治疗，治愈率可以达到80%左右。
性伴侣常规不需要进行治疗，由于性伴侣不具有传染性，故性伴侣可不需要进行常规的治疗。如果细菌性阴道炎不规范治疗，可以导致妊娠期女性患绒毛膜羊膜炎、胎膜早破、早产等，非妊娠妇女可以引起子宫内膜炎、盆腔炎、子宫切除术后阴道顶端感染等。所以，细菌性阴道炎一旦诊断明确，均需要采用积极的治疗方法，治疗后若症状消失，不需要随访。对于症状持续存在或反复出现者，需要接受随访。