因为甲状腺的解剖位置比较特殊，甲状腺后面是气管和食道，周围还有蜂窝组织，所以一旦发生脓肿，很容易在短时间内引起窒息，如果抢救不及时，就会有生命危险。如果触诊甲状腺有波动感，可以用粗针头穿刺排脓，随后手术切开引流或者是切除肿物。手术当中还应该注意看是否有气管或食道瘘，并做相应的处理。术中还得仔细冲洗，术后放置引流条，并加强术后的管理。如果有轻度的甲状腺功能亢进症，还需要给予抗甲状腺药物治疗，做好术前、术中和术后的各项工作。虽然穿刺排脓可以使部分患者症状缓解，免除手术，但是仍然需要慎重，尤其是儿童，操作难度比较大，稍有不慎，脓肿可以破入气管、食道，以及颈部蜂窝组织造成脓肿，压迫气管窒息。
一般情况下，发生脓肿后应该立即切开引流或肿物彻底切除，以免除后患。急性期过后，咽喉部位造影证实有梨状窝瘘或者有瘘管的情况下，应该手术切除。手术应该在急性炎症的消退数月后进行为宜，此期间应该注意咽部疼痛、扁桃体肿大等症状，以防急性炎症的复发。一旦复发，应该立即应用抗生素早期控制感染。