尿道灌注主要就是将药物稀释后，通过尿道口注射进入尿道内，达到治疗效果，最常见的就是膀胱肿瘤灌注化疗。也可以经尿道口留置导尿管，然后通过导尿管将药物注射入膀胱内，通过改变不同的体位进行膀胱肿瘤的化疗，这种方式对预防膀胱肿瘤复发有很好的治疗效果。
目前在很多医院也通过尿道灌注治疗前列腺炎，这种治疗方案不建议使用，效果不好，容易增加逆行感染的可能性，也会导致膀胱、尿道以及前列腺黏膜出现损伤。