灌肠首先选择好合适的灌肠液，一般灌肠液需要选择温水，温度大约在37摄氏度左右，这样有利于减少灌肠过程中产生的不适感。
可以根据灌肠的目的选择合适的灌肠药物，一般选择软皂。灌肠所需的灌肠液准备好后，可以将灌肠液倒入专用的灌肠器中，一般一次灌肠液的量不超过500ml。
需要保持好合适的位置，一般采取侧卧位，这样便于灌肠操作。灌肠操作开始后，先将导管按照顺肛门方向置入2cm左右，然后向后适当进入一段距离，接着开启灌肠器开关，让灌肠液流入直肠内。随着进入直肠内液体增加，会感觉到有便意，灌肠操作的过程完成。