肥厚型心肌病的遗传方式是常染色体显性遗传，该病是基因突变所致，父母突变的基因遗传给孩子，导致孩子发病。据报道大概60%-70%的肥厚型心肌病为家族遗传性，另外30%-40%为散发性。无论是家族性肥厚型心肌病，还是散发病例，还是儿童病例或者成年病例，他们都有相同的致病基因突变。目前，已经证实的与肥厚型心肌病的发病有关基因突变至少有14个，而这些基因中多数都是编码肌小节结构蛋白的基因。如果家族中有该疾病，那么孩子患病风险较正常人高，且男性更高，因为男性携带外显型基因的可能性较大。